在中心副主任、豬品種培育與繁殖創新平臺主任熊遠著院士帶領下，按照“外來品種本地化，本地品種國際化，利用國、內外兩類豬種資源，培育適合市場需求的新品種（系）”育種思路，進行了豬功能基因組、重要經濟性狀遺傳基礎研究，參與完成了豬的全基因測序（Nature, 2012），發掘了一批影響豬重要經濟性狀的功能基因；自主開發了種豬一步法GBLUP育種分析軟件，創新了四系法種豬育種等關鍵技術體系，開展了豬新品種（系）培育，在一定程度上打破了我國原種豬依賴進口的局面。溫氏集團聯合華南農業大學、華中農業大學等單位選育的“華農溫氏Ⅰ號豬配套系”在2006年審定的基礎上性能水平進一步得到提高，2013年肉豬飼料轉化率和日增重分別達2.49:1和928g，與我國飼養的世界最大種豬企業PIC配套系相比，飼料轉化率高7.7%，生長速度快12.8%。該配套系在全國26個省推廣應用，累計出欄肉豬6308萬頭，實現產值941億元、經濟效益141億元。此外，揚翔集團通過協同創新，利用廣西陸川豬的優良地方資源培育出“龍寶豬”配套系，于2013年1月通過國家豬新配套系審定。

中心組建以來，獲得了豬分子育種領域的國家授權專利21項，持續選育了13個專門化品系，獲得了國家新品種（配套系）證書1 個；協同完成的“豬產肉性狀相關重要基因發掘、分子標記開發及其育種應用”2012年獲國家技術發明二等獎一項；“高效瘦肉型豬新配套系培育與產業化應用”2013年獲大北農科技一等獎。